ありがとうございました

プレミアムービーに設定差があるからです
ムービーには３種類あり、それぞれ設定によって出現率が変わるそうです。
ミサト＆リツコVer
（始めのカットは手に十字架のネックレス）
設定１ 約17％
設定６ 約38％
リリスVer
（ビルの間の通路）
設定１ 約23％
設定６ 約50％
第３新東京市Ver
（ファイルを抱えたシンジ）
設定１ 約60％
設定６ 約12％

詳しくはこのサイトのエヴァ魂の『プレミアムービーで設定看破』を見てください

バーの揃え方も載っているので参考にしてみるといぃかと思います